曾經(jīng)，一個高度發(fā)達的先進種族Ancient以地球為基地，幾百萬年前，不知什么原因，他們離開地球去了某地，在南極只留下一個前哨站。在JackO'Neill將軍用前哨站的一種Ancient武器消滅前來攻擊地區(qū)的Goa'uld人的艦隊之後，各國合作建立了南極聯(lián)盟，為研究前哨站里的Ancient科技、促進國際合作與和平而共同努力。在研究過程中，他們發(fā)現(xiàn)了Ancient離開地球后所去的地方——飛馬座星系。于是，為了發(fā)掘被埋沒的歷史、探索未知的世界，各國組建了亞特蘭蒂斯探險團隊，通過星際之門到達了幾百萬年前從地球飛走的亞特蘭蒂斯城。但不幸的是，地球人的到來驚醒了一群統(tǒng)治飛馬座星系的怪物——Wraith，他們技術(shù)先進、體格健壯，性情粗野殘暴，不講信義，而且以人類為牲畜，吸人生命。一萬年前他們打敗了Ancient并迫使其逃回地球，而探險隊也發(fā)現(xiàn)了一個驚人的事實：Wraith是Ancient試驗的產(chǎn)物！為了對抗強大的Wraith，亞特蘭蒂斯的小分隊不得不探索飛馬座星系諸星球，與飛馬的原住民聯(lián)系，試圖找到抵御Wraith的方法，經(jīng)歷了一次次險象環(huán)生的旅程。