科學家們在搜索Atlantis城區(qū)的時候，在一個病毒實驗室發(fā)現(xiàn)了一些破碎的容器，然后隊員們相繼開始出現(xiàn)鬼魂的幻覺，6個小時后導致腦動脈破裂而死。一個病人由于過度的驚嚇在城區(qū)四處亂竄，Atlantis全面戒嚴。

然而6個小時過去后，McKay卻并沒有死亡，原來是他體內(nèi)的古人基因保護了他（他第一個接受了基因改造），在顯微鏡下，Carson發(fā)現(xiàn)它是一種專門用于殺死普通的人類的納米病毒（納米機器）。但是現(xiàn)在只有48%的人有條件接受基因治療，所以更有效的辦法是制造一個強電磁脈沖（EMP），消滅所有的納米機器。于是Sheppard帶著一個Naquadah發(fā)電機飛到城市上空20英里處引爆，爆炸產(chǎn)生的EMP消滅了病毒。

既然幽靈需要吸食人類的生命維持自己，所以病毒不會是他們弄的，那么到底是誰制造了這種可怕的東西？