1588年，馬德里阿爾卡薩城內(nèi)，國王接到了西班牙艦隊?wèi)K敗的消息，讓他非常的憤怒。國王一怒之下命人把時間管理局的負(fù)責(zé)人奎瓦斯找來，想要回到過去改變戰(zhàn)敗的歷史，奎瓦斯不同意國王的做法，不肯將改變之法告訴國王，結(jié)果被國王關(guān)了起來嚴(yán)刑逼供。薩爾瓦多接到1809年的一份警報，得知1812年西班牙第一部憲法拉佩帕的創(chuàng)始人之一的奧古斯汀，在加入阿斯圖坦克亞斯志愿軍反抗拿破侖的統(tǒng)治時，在梅迪納附近消失了。為了救奧古斯汀，薩爾瓦多派艾米利亞他們前去解救奧古斯汀，而就在此時薩爾瓦多也接到通知，得知奎瓦斯失蹤了。埃內(nèi)斯托打電話給奎瓦斯之時，正好被國王給接了起來，國王并不知道手機的功能，聽到手機里有人說話，以為奎瓦斯還活著，嚇得馬上讓人毀了那部手機。按照奎瓦斯手冊上的記載，國王帶人從時間之門闖進(jìn)了2016年的時間管理局，然后用手機聯(lián)系了薩爾瓦多通知他，自己到了時間管理局。見到了薩爾瓦多，國王首先向他追問現(xiàn)在西班牙的情況，以及后人對他的評價，然后才想起要讓軍艦重新啟航的事情。就在國王質(zhì)問薩爾瓦多戰(zhàn)勝之法時，國王的手下找到了讓軍艦戰(zhàn)勝之法，讓國王又有了改變歷史的沖動，薩爾瓦爾多只好努力阻攔國王，并想要打電話給首相阻止，可沒想到卻被國王給當(dāng)場打死了。國王將電腦帶回到自己的時代，指揮在上次軍艦中領(lǐng)導(dǎo)失誤的梅迪納重新作戰(zhàn)，終于改變了歷史讓西班牙艦隊得勝。艾米利亞他們執(zhí)行任務(wù)回來后發(fā)現(xiàn)，薩爾瓦多就像沒出現(xiàn)過一樣，時間管理局的負(fù)責(zé)人變成了埃內(nèi)斯托，而他的秘書也不是安古斯迪亞斯而是艾琳。艾米利亞他們并不知道時間管理局究竟發(fā)生了什么事，只知道一切都透露著奇怪的跡象，而埃內(nèi)斯托還送給阿隆索一套嬰兒服，讓他們更加疑惑，這才懷疑是有人改變了歷史。改變歷史后，瑪伊特還在世，阿隆索也和艾琳娜有了孩子，胡里安和阿隆索都感覺特別的幸福。艾米利亞查了一下歷史，發(fā)現(xiàn)一切的改變都源于費利佩二世將軍艦戰(zhàn)敗的歷史給改變了，而他還利用時間之門，將所有不利于他的歷史都給刪除了，讓西班牙的歷史一片混亂。改變后的西班牙沒有憲法，還存在著宗教法庭，艾米利亞想要改變這個事實，可胡里安和阿隆索他們都因為各自的夢想都在新世界得到了實現(xiàn)，而對艾米利亞提出的方案有所猶豫。雖然重新找回了愛人，可艾琳娜和瑪伊特都生活在宗教的束縛之下，讓胡里安和阿隆索都覺得特別的不自然。艾米利亞在無人支援的情況下，一個人去了1588年當(dāng)眾發(fā)表反對費利佩二世，得到了與費利佩二世見面的機會。艾米利亞與費利佩二世的談判觸怒了他，費利佩二世決定燒死艾米利亞，艾琳正好偷聽了埃內(nèi)斯托與費利佩二世的通話，于是馬上把這個消息告訴胡里安他們。在費利佩二世對艾米利亞用刑之時，胡里安落入了埃內(nèi)斯托的手中，同樣也被他毒打，而就在費利佩二世和埃內(nèi)斯托互通對埃米利亞和胡里安的逼供之時，阿隆索找到了童年時的費利佩二世，用這個威脅費利佩二世放了艾米利亞他們。在艾米利亞的威脅下，費利佩二世同意，讓一切都回到他得知西班牙艦隊?wèi)?zhàn)敗的時候，一切又回歸了正軌，薩爾瓦多也依舊坐鎮(zhèn)時間管理局。艾米利亞履行承諾，回去幫助費利佩二世，讓他可以死得有尊嚴(yán)一些。（本季終）