方怡(趙圓瑗 飾)的簪子掉在了尚膳監(jiān)，韋小寶(韓棟 飾)回到尚膳監(jiān)找簪子，他無意中看到了未被化尸粉化掉的柳燕的雙腳。小寶想用柳燕的雙腳嚇唬太后(米雪 飾)，他來到慈寧宮卻無意中聽到太后和師兄的談話。太后的師兄看到柳燕這么長時間都沒有回來，他有些擔心，太后決定和師兄一起去尋找柳燕。只見太后在床邊按下一個按鈕，床板就抬了起來，露出了一個盒子。太后從盒子里拿起一把短劍就和師兄出了慈寧宮。

韋小寶看見他倆走了就打開床下那個盒子，發(fā)現(xiàn)盒子里面有三本四十二章經(jīng)。韋小寶剛把三本四十二章經(jīng)揣進自己懷里就發(fā)現(xiàn)有人進來了，他連忙躲在了圍帳之后。只見一個宮女鬼鬼祟祟也來到太后房間到處翻找，像是要尋找什么東西。

這時太后和師兄回來了，那宮女趕快躲進了柜子里。太后和師兄發(fā)現(xiàn)房間有人動過，連忙拿出那個盒子發(fā)現(xiàn)里面的四十二章經(jīng)不見了。太后懷疑小偷躲在柜子里，她剛打開柜門就被躲在里面的宮女捅了一刀，太后應聲倒地，太后的師兄和宮女打了起來。太后的師兄把宮女按倒在地準備掐死她，韋小寶舉起匕首從背后把太后的師兄殺死了。

韋小寶這才看清那個宮女原來是陶姑姑，陶姑姑拉著韋小寶飛快地逃出了慈寧宮。陶姑姑問韋小寶怎么會在太后房間，韋小寶謊稱是皇上讓他來捉太后的奸的。陶姑姑讓韋小寶不要告訴皇上太后身邊的宮女是男人，因為太后與人通奸會讓皇上感到很沒有面子，伴君如伴虎，皇上隨時可能會殺了他滅口。

慈寧宮里的動靜驚動了侍衛(wèi)們，陶姑姑和韋小寶就此分手。韋小寶來到布庫房告訴屏兒和方怡太后死了，他們不用離開皇宮了。韋小寶跟著皇上來到慈寧宮，卻看到太后好好地坐在珠簾后面。太后告訴皇上慈寧宮并沒有進刺客，只是宮女和太監(jiān)斗嘴互相殺死了對方。太后依舊讓韋小寶留在慈寧宮伺候她，韋小寶準備離開皇宮一走了之，可是他又不忍心看著康熙(魏千翔 飾)被太后蒙在鼓里，最后被太后殺死。他決定把太后的事情告訴皇上。

韋小寶把順治(劉德凱 飾)帝在五臺山出家、康熙生母等四人都死于化骨綿掌等事情都告訴了皇上。韋小寶說自己本來準備明天就逃出宮去，可是他不忍心把小玄子一個人留在皇宮中，所以才決定告訴皇上真相。

康熙撤掉慈寧宮的所有侍衛(wèi)，決定和韋小寶夜探慈寧宮。太后命喜鵲把她師兄的尸體裝進一個袋子里埋在后山，這一切都被康熙看到，康熙恨死了皇太后。

康熙封韋小寶為御前侍衛(wèi)副總管并御賜黃馬褂到五臺山尋找自己的父親順治皇帝。聽說韋小寶要帶她們出宮屏兒和方怡高興極了。