黑室正式成立，依靠秦敖(劉小鋒 飾)陸涯(董勇 飾)李克江(張秋歌 飾)等人的優(yōu)秀能力，以及雅德利(山鷹 飾)在密碼破譯方面的造詣，黑室在很短的時間里就在破譯密碼、抵抗日軍轟炸方面取得了可喜的成績。陸涯無法原諒扈渝雯(汪芫 飾)對自己的欺騙，他冷淡地對待著扈渝雯，在一起工作的兩人形同陌路。扈渝雯得不到陸涯的諒解，只能向雅德利傾訴心中的苦悶。蔣委員長巡查西南戰(zhàn)線的云岫行動秘密展開，黑室沒能遏止住重慶猖獗的間諜活動，加上雅德利酗酒延誤了破譯工作，蔣委員長行蹤泄露，遭遇日方轟炸。黑室受到了嚴厲批評，經(jīng)歷了一次重大挫折。眾人都承擔了責任，雅德利開始端正自己的工作態(tài)度。通過黑室成員的不懈努力，泄露云岫行動的日本間諜終于被俘。頑固的日本間諜自殺了，他讓黑室意識到重慶還隱藏著許多間諜，他們未來的路還很長。唐大銘(仇永力 飾)(仇水力 飾)為了犒勞黑室成員的辛勞，舉行了一場慶祝舞會。舞會上，雅德利受到了黑龍會的暗殺，多虧陸涯的保護才躲過一劫。四姐的身影出現(xiàn)在了重慶，她現(xiàn)在的身份是慈善商會的會長羅蘭(張恒 飾)夫人，并和黑室有著親密的接觸。