秦敖(劉小鋒 飾)放走了雅德利(山鷹 飾)，破壞了黑龍會(huì)把SQ4傳播到重慶各處的計(jì)劃。郭仲衡(涂中如 飾)逃到黑龍會(huì)，向頭目表達(dá)自己對(duì)秦敖的疑惑。而此時(shí)的秦敖正要摧毀日軍的軍火庫(kù)，那里保存著大量SQ4制造的病毒彈。陸涯(董勇 飾)和扈渝雯(汪芫 飾)及時(shí)趕到，協(xié)助秦敖擊敗了黑龍會(huì)和郭仲衡，摧毀了SQ4病毒彈。但是郭仲衡并沒(méi)有死，他殺死了留下的秦敖，并企圖用感染病毒的自己將SQ4傳播到重慶市區(qū)。陸涯發(fā)現(xiàn)了這一切，緊急尋找郭仲衡，希望能阻止他的瘋狂行為。通過(guò)蛛絲馬跡，陸涯在自來(lái)水廠(chǎng)找到郭仲衡，郭仲衡企圖污染水源，關(guān)鍵時(shí)刻郭仲衡病毒發(fā)作，為了整個(gè)城市的安全，陸涯和郭仲衡一起投進(jìn)了火海。1945年，日本宣布無(wú)條件投降，黑室作為一個(gè)抗日的秘密機(jī)構(gòu)，永遠(yuǎn)成為了歷史。