2010年，Zoe正在慶祝自己的畢業(yè)，Eureka的居民們也在享受著快樂生活。Henry已經(jīng)娶了他心愛的女科學(xué)家Kim為妻；Carter和Allison也幸福地走到了一起，Allison已經(jīng)懷上了Carter的孩子。突然，F(xiàn)argo沖進(jìn)來打斷了畢業(yè)儀式，把Carter和Allison帶回GlobalDynamics一起解決一個(gè)可怕的神秘事件：在高度機(jī)密的第五區(qū)，一個(gè)女人的尸體嵌在墻里，被奇怪的強(qiáng)輻射燒得面目全非。作為GlobalDynamics的現(xiàn)任主管，Henry宣布尸體的DNA已經(jīng)被輻射嚴(yán)重毀壞，無法辨識(shí)身份。而奇怪的輻射就來自Stark那塊神秘的人造物。Stark幾年前已經(jīng)被解雇了，那個(gè)東西現(xiàn)在被安全地保存在第五區(qū)。Kim想通過DNA重建的方式來辨別尸體的身份，而Allison和Carter則返回了女兒的畢業(yè)慶典。令人感到驚奇的是，Carter那輛本該成為古董的2007年的老吉普車突然出現(xiàn)在大街上，險(xiǎn)些釀成車禍。因?yàn)槭w似乎也來自另一個(gè)時(shí)空，F(xiàn)argo認(rèn)為唯一的解釋就是：Eureka正在經(jīng)歷時(shí)空異?，F(xiàn)象，罪魁禍?zhǔn)拙褪荊lobalDynamics已經(jīng)封存多年的那臺(tái)粒子加速器。這臺(tái)可以操縱時(shí)間的機(jī)器從誕生之日起，就帶來了巨大的災(zāi)難（參見第一集）。在調(diào)查中，Carter發(fā)現(xiàn)Eureka目前只有一個(gè)人既有操作機(jī)器的許可，又熟悉相關(guān)的量子學(xué)理論知識(shí)，那就是Henry。此時(shí)，Kim發(fā)現(xiàn)了更加令人膽寒的事實(shí)：那具尸體就是她自己。Kim、Carter、Allison前去質(zhì)問Henry，Henry痛苦地承認(rèn)了一切。他說，2006年10月，Kim在幫助Stark從神秘物件中提取核心樣本時(shí)，死于核輻射。極度悲傷的Henry想方設(shè)法取代Stark成為了GlobalDynamics的主管，并獲得了操作粒子加速器的許可。他于是利用這個(gè)機(jī)器回到Kim死亡的那一天，挽救了她的生命，也因此而制造了第二條時(shí)間線－－Eureka順著這條時(shí)間線度過了四年。但原始時(shí)間線仍然沒有消亡，兩條時(shí)間線處于競爭狀態(tài)。時(shí)空異?，F(xiàn)象只會(huì)越來越嚴(yán)重，最終將撕裂整個(gè)時(shí)空間。Henry希望Carter冒險(xiǎn)回到過去糾正一切，但如果Carter成功抹掉了第二條時(shí)間線－－也就是說將時(shí)間調(diào)整回2006年，他和Allison建起的這個(gè)家將不復(fù)存在，而Kim的死將再次令Henry陷入無法自拔的痛苦。時(shí)空異?，F(xiàn)象變得越來越具破壞性了，Carter、Henry、Kim和Allison必須在短暫的個(gè)人幸福和拯救世界之間作出最終抉擇。