小智抱著衰弱的呱呱泡蛙來到布拉塔諾博士的研究所，在蘇菲的治療下，呱呱泡蛙逐漸恢復(fù)健康，布拉塔諾博士也將呱呱泡蛙過去不斷逃離訓(xùn)練家的經(jīng)過告訴小智。布拉塔諾博士帶小智、希特隆與柚麗嘉參觀研究所，談到自己研究神奇寶貝的進(jìn)化，并談到超進(jìn)化的可能性，他的烈咬陸鯊就是他的研究的對象。此時竊聽到超進(jìn)化訊息的火箭隊，偽裝成研究人士進(jìn)入研究所，并趁機(jī)將控制神奇寶貝的裝置丟向呱呱泡蛙，烈咬陸鯊?fù)ι矶龆馐苎b置控制，痛苦難當(dāng)?shù)牧乙ш戸忛_始發(fā)狂攻擊，破壞研究所與炸飛火箭隊后，便沖至密阿雷市的街上四處破壞，最后爬上了幻彩水晶塔。小智與呱呱泡蛙為拯救烈咬陸鯊也爬上幻彩水晶塔，但烈咬陸鯊依然不斷攻擊，就在即將從塔頂?shù)涞臅r候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陸鯊的雙腳，皮卡丘也趁勢用鐵尾打破控制裝置，烈咬陸鯊才終于恢復(fù)。皮卡丘卻不小心從塔頂墜落，小智奮不顧身跳下抱住皮卡丘，此時火焰雞現(xiàn)身救了小智與皮卡丘，事情才圓滿落幕。為表達(dá)感謝，布拉塔諾博士將卡洛斯地方的神奇寶貝圖鑒送給小智，小智也收服到想一起旅行的呱呱泡蛙，準(zhǔn)備踏上旅程。